Beliau dilahirkan di sebuah desa kecil wilayah kabupaten nganjuk jawa timur. Ketika duduk di kelas 4 SD ayahnya pulang ke rahmatullah sehingga sejak saat itu di besarkan oleh seorang janda petani miskin yang harus menghidupi ketiga anaknya; namun di dalam mendidik anak, baik ilmu agama maupun umum tidak kalah dengan orang lain yang berkecukupan, walaupun harus menjadi buruh tani sekalipun.

Maka tidak mengherankan jika Ahmad Fathoni ketika tamat SD juga tamat sekolah ibtidaiyyah, di samping pada sore hingga malam harinya mengaji AL-Qur’an dan ilmu agama di sebuah surau pada seoran guru mengaji di kampungnya. Tidaklupa, setiap minggu ia di suruh ibunya khusus mengaji Al-Qur’an pada seorang kyai yang hafal Al-Qur’an di desa tetangga yang dikenal sangat memperhatikan kefasihan pelafazan huruf dan ketepatan bertajwid di dalam membaca Al-Qur’an karena kyai tersebut tamatan pondok pesantren Al-Qur’an Krapyak Yogyakarta yang mahsyur kala itu hingga kini.

Setelah tamat SD, Ahmad Fathoni melanjutkan SMP Negri dengan tidak lupa tetap mengaji Al-Qur’an dan menimba ilmu agama pada kyai tersebut bahkan setiap hari. Dan setamat SMP, ia melanjutkan ke SMA Negri di kertasono nganjuk dan sekaligus menadi santri di pesantren salaf miftahul ‘ula nglawak dekat SMA tersebut. Ketika masih duduk kelas 2 SMA ia ikut ujian extranei di madrasah tsanawiyah negeri; selanjutnya ketika duduk di kelas 3 SMA, ia ikut menempuh ujian extranei madrasah Aliyah negeri di pesantren tambak beras jombang. Dengan demikian, ketika lulus SMA tahun 1969, ia juga lulus MAAIN. Setamat SMA, bukan melanjutkan ke perguruan tingggi , akan tetapi berangkat ke pesantren krapyak Yogyakarta untuk menghafal Al-Qur’an pada kyai Haji Ahmad Munawwir yang mempunyai sanad ke-30 dari Rasulullah SAW , di mana beliau menghafal Al-Qur’an dan ber-Talaqqiy kepada kakak kandungnya, kyai abdul Qadir – yang keduanya – adalah putra kyai haji Muhammad munawwir (w.1942) yang menghafal Al-Qur’an dan belajar Qira’at sab’ah di Makkah al-mukarramah.

Begitu selesai menghafal Al-Qur’an tahun 1973, ada kabar bahwa perguruan tinggi ilmu Al-Qur’an (PTIQ) Jakarta membuka pemberian beasiswa 1 orang untuk masing masing provinsi di Indonesia. Maka Ahmad Fathoni beruntung mendapatkan kesempatan tersebut sebagai utusan dari provinsi Jatim. Namun, ketika baru tingkat III (1979) ada kesempatan memperoleh beasiswa untuk kuliah pada fakultas Al-Qur’an wa ad-dirasat al-islamiyyah di madinan Saudi arabia. Pada fakultas terseut , ia belajar syarh syatibbiyyah fi al-qira’at al-sab’, sedang tatbiq al-qira’at al-asyr yang mutawatirah (untuk qira’at sab’’ah menurut tariq asy-syatibiyyah pada syekh ‘Abdul Rafi’ Ridwan dan Qira’ah tsalatsah menurut tariq ad-durrah pada syekh akhmad sibaweih al-badawiy).

Tahun 1981 pulang ke tanah air dan langsung mengajar Qira’at Sab’ah, ilmu Rasm Usmani, Ilmu Tajwid, dan Tahfiz Al-Qur’an di PTIQ dan IIQ Jakarta menggantikan syekh Abdul Qadir Abdul ‘Azhim yang telah pulang ke Mesir , hingga sekarang.

Program S2 di UN Syarif Hidayatullah Jakarta (1997-1999), dan pada tahun 2000 melanjutkan kuliah program S3 di universitas uang sama dan meraih gelar doktornya pada tahun 2008. Pada saat ini Ahmad Fathoni menjadi dosen UIN Syarif Hidayatullah dpk IIQ Jakarta, di samping menjadi dosen tidak tetap di institute PTIQ Jakarta, Sekolah tinggi Kulliyatul Qur’an Al-Hikam Depok (seluruh mahasiswa ketika masuk perguruan tinggi ini harus sudah hafal Al-Qur’an 30 juz), tenaga pengajar di Lembaga Bahasa dan Ilmu Al-Qur’an (LBIQ) DKI Jakarta, dan juga sebagai anggota Lajanah Pentashihan Al-Qur’an Kemenag.

Adapun buku dan karya ilmiah yang sudah di terbitkan disamping buku modul Petunjuk Praktis Tahsin Tartil Al-Qur’an Metode Maisura adalah : Kaidah Qira’at Tujuh jilid I dan II, Cara Cepat Menghafal Al-Qur’an Metode Cetak, Studi Bacaan Al-Qur’an Riwayat Hafsh dan Qalun (Surah al-Fatihah, al-Baqarah dan Ali ‘Imran), 100 maqra Qira’at mujawwad menurut riwayat Qalun-Warsy-Khalaf & Qira’at Sab’ah. Tuntunan Praktis 99 Maqra Qira’at Mujawad Riwayat Al-Bazziy & Qunbul, dan Tuntunan Praktis 101 Qaqra Qira’at Mujawad Abu Amr-riwayat ad-Duriy & as-Susiy.

Sumber: Petunjuk Praktis Tahsin Tartil Al-Qur’an METODE MAISURA; Menuju Muara Ilmu Tajwid Terpadu dan Komprehensif